МАУ ДО СШ «Котельники» находится в подчинении Отделу физической культуры и спорта управления развития отраслей социальной сферы администрации г.о. Котельники Московской области.
Управление учреждением осуществляет Директор учреждения, заместитель директора, заместитель директора по безопасности.
В структуру учреждения так же входят бухгалтерия, методический состав и тренерско-преподавательский состав, Центр тестирования ВФСК «ГТО».
По направлениям спортивной подготовки в учреждении 3 отделения по видам спорта:
Отделение спортивной борьбы
Отделение игровых видов спорта
Отделение спортивных единоборств и сложно-координационных видов спорта